Работал с галереями АртСтрелка Projects, Марата Гельмана (Москва), «Orel Art» (Париж, Франция).

Участник спецпроектов 1-й и 2-й Московских биеннале (2005, 2007, Москва), Южно-российской биеннале современного искусства (2010, Ростов-на-Дону), финалист премии Кандинского в номинации «Проект года» (2007, 2012).

С 1993 провел более 20 персональных выставок.

Избранные групповые выставки: «Искусство против географии» (2000, Государственный Русский музей, Санкт-Петербург), «Параидентичность» (2004, Зверевский центр современного искусства, Москва), «Россия 2» (2005, Центральный дом художника, Москва), «Русский поп-арт» (2005, Государственная Третьяковская галерея, Москва), «Новое в коллекции» (2006, Государственный центр современного искусства, Москва), «Барокко» (2007, Московский музей современного искусства, Москва), «Русское бедное» (2008–2009, Музей современного искусства PERMM, Пермь), «Не игрушки!?» (2009, Государственная Третьяковская галерея, Москва), ICONS (2012–2013, Краснодарский краевой выставочный зал изобразительных искусств, Краснодар; Музей современного искусства PERMM, Пермь; креативное пространство «ТКАЧИ», Санкт-Петербург), «Трудности перевода» (2013, Ca' Foscari University of Venice, Венеция, Италия), «Реконструкция. Часть I» (2013, Фонд культуры «Екатерина», Москва), «19/92. Сначала» (2016, Московский музей современного искусства, Москва).

Работы находятся в собраниях Государственной Третьяковской галереи (Москва), Государственного Русского музея (Санкт-Петербург),Московского музея современного искусства (Москва), Музея ART4 (Москва), Нового музея Аслана Чехоева (Санкт-Петербург), Музея современного изобразительного искусства на Дмитровской (Ростов-на-Дону), а также в частных коллекциях в Москве, Таганроге, Санкт-Петербурге, Ростове-на-Дону, Риме (Италия), Берне (Швейцария), Париже (Франция), Лондоне (Великобритания), Чикаго (США), Нью-Йорке (США), Киеве (Украина).

Юрий Шабельников стал известен на московской арт-сцене в начале 1990-х годов вместе с остальными участниками товарищества «Искусство или смерть» — Авдеем Тер-Оганьяном, Валерием Кошляковым, Александром Кисляковым, Николаем Константиновым, Юрием Палайчевым, Василием Слепченко и Сергеем Тимофеевым. Почти все они родом из Ростова, а для Шабельникова этот город был перевалочным пунктом — сам он из Таганрога. Участников «товарищества» отличала приверженность живописи, тяга к пластическому и простейшей «визуальной культуре». Все это, по мнению художников, было вытеснено из искусства соц-артом и концептуализмом, господствовавшими в неофициальном советском искусстве предыдущие два десятилетия. Шабельников, по словам Тер-Оганьяна, прошел путь от первоклассного реалистического живописца через модернизм к обнаружению вещественности картины, после чего добавил к своему арсеналу средств объекты, ассамбляжи и инсталляции. На этом фундаменте художник работает до сих пор (Ольга Данилкина, mmoma.ru).