В 1906–1907 работы Кустодиева экспонировались на выставках русского искусства в Париже и Берлине, организованных С. П. Дягилевым. В 1907 за портрет В. В. Матэ он был награжден большой золотой медалью на художественной выставке в Венеции. В 1909 избран академиком, в 1912 — членом Совета ИАХ. Преподавательской деятельностью занимался эпизодически, в частности в 1910 вел уроки живописи в Школе Е. С. Зарудной-Кавос, в 1913 — в Новой художественной мастерской. В 1913 был привлечен А. В. Щусевым к оформлению Казанского вокзала в Москве, для которого выполнил несколько эскизов декоративных панно и плафон ресторана (не осуществлены).

С 1911 работал как театральный декоратор. Сотрудничал с частным Театром К. Н. Незлобина и МХТ, в частности создал эскизы костюмов и декораций к спектаклям «Горячее сердце» А. Н. Островского (1911), «Смерть Пазухина» М. Е. Салтыкова-Щедрина.

Кустодиев много путешествовал по России и Европе. В 1900–1915 периодически работал в селе Семеновском Костромской губернии. В 1911–1912 выезжал для лечения в Швейцарию (Лейзин). С 1916 испытывал все большие затруднения в творческой деятельности из-за паралича нижней части тела, однако не обрывал ее окончательно.

После революции 1917 участвовал в агитоформлении Петрограда к праздникам. В 1920 в петроградском Доме искусств прошла первая персональная выставка Кустодиева. В 1920 оформил пьесу А. Н. Островского «Гроза» во Второй студии МХАТ, в 1925–1926 создал декорации к постановке Е. И. Замятина «Блоха» в Большом драматическом театре.

В 1923 вступил в АХРР. В 1922 произведения Кустодиева экспонировались на Первой русской художественной выставке в галерее Ван Димена в Берлине, в 1924–1925 — на выставке русского искусства в Нью-Йорке (выполнил афишу выставки), в 1927 — на последней выставке «Мира искусства» в галерее «Бернхейм» в Париже.

Посмертные выставки мастера состоялись в 1928–1929 в Государственном Русском музее (Ленинград) и в Доме ученых и Государственном музее изящных искусств в Москве. Ретроспективные выставки произведений Кустодиева прошли в Ленинграде / Санкт-Петербурге (1947, 1952, 1959, 1968, 1978, 2003), Киеве (1960), Москве (1960, 1968, 1969, 1978, 1979, 2004), Астрахани (1968, 1978, 2003), Костроме (1978), Нижнем Новгороде (2004), Саратове (2005).

Борис Кустодиев — выдающийся русский художник первой трети ХХ столетия. Как заметил А. Н. Бенуа, «настоящий Кустодиев — это русская ярмарка, пестрятина, “глазастые” ситцы, варварская “драка красок”, русский посад и русское село, с их гармониками, пряниками, расфуфыренными девками и лихими парнями…» Действительно, сюжетами наиболее характерных и известных картин мастера становились ярмарки, городские и деревенские праздники, трактиры, купчихи, часто изображенные с добродушным юмором. В них тесно переплетались действительность и вымысел. Отличительной чертой жанровых произведений художника стали монументальность, декоративность, нарочитая яркость, подчас грубость цветовых сочетаний. От этой манеры Кустодиев не отходил и после революции, варьируя в поздних работах многие ранее найденные мотивы. Совершенно иначе проявил себя в портретах, для большинства которых характерна изысканная сдержанность колорита. Имел репутацию блестящего рисовальщика, обладавшего высочайшей графической культурой. Прекрасно владел линией и контуром, лучшие рисунки Кустодиева созданы буквально на одном дыхании.

Творчество художника представлено во многих музейных и частных собраниях, в том числе в Государственной Третьяковской галерее, Государственном Русском музее, ГМИИ им. А. С. Пушкина, Нижегородском государственном художественном музее, Киевском музее русского искусства и других.