В 1891–1893 принимал участие в работе Комиссии по пересмотру устава ИАХ. В 1893 был избран действительным членом Академии художеств. По поручению ИАХ занимался помощью в организации художественного образования в провинциальных городах, в частности в Казани, Киеве, Харькове, Ростове-на-Дону. В 1895 организовал Рисовальные классы в Полтаве. В 1902 вышел из состава ИАХ, выражая несогласие с формальным подходом к обучению в Академии. В последние годы жил преимущественно в своей усадьбе Павленки под Полтавой.

Мемориальные выставки Мясоедова состоялись в Полтаве (1912) и Москве (1913).

Мясоедов — выдающийся русский художник второй половины XIX века, один из наиболее последовательных и активных членов ТПХВ, представитель критического реализма. Работал преимущественно в области станковой живописи, создавал картины на бытовые и исторические сюжеты, пейзажи. Реже обращался к портрету.

Расцвет творчества мастера приходится на 1860-е — 1870-е, когда были созданы наиболее известные жанровые произведения: «Поздравление молодых в доме помещика» (1861), «Земство обедает» (1872), «Чтение положения 19 февраля 1861» (1873). В своих работах, часто обличительного, острокритического характера, он стремился к правдивой передаче нищеты и бесправия крестьянства, в некоторых полотнах («Страда (Косцы) «, 1887) воспевал величие и поэзию труда.

Наряду с произведениями критической направленности в творчестве Мясоедова встречаются картины, связанные с языческим и христианским фольклором («Приворотные травы», 1866; «Молебен на пашне о даровании дождя (Засуха) «, 1877), национально-романтические сельские мотивы («Дорога во ржи», 1881), литературные образы («Чтение “Крейцеровой сонаты” Л. Н. Толстого (Новые истины) «, 1893; «Мицкевич в салоне Зинаиды Волконской», 1908).

Картинам Мясоедова присущи повествовательность, драматизм, внутренняя напряженность сюжетов, глубина характеров, ясность композиционного построения, тщательность проработки деталей.

В поздний период (1890-е — 1900-е) художник полностью отказался от критического начала в живописи, доминирующим в его творчестве стал пейзаж, отличающийся многообразием мотивов, тонким лиризмом и неизменно реалистичным подходом к натуре.

Произведения Мясоедова находятся во многих музейных собраниях, в том числе в Государственной Третьяковской галерее, Государственном Русском музее, Научно-исследовательском музее Российской Академии художеств, Всероссийском музее А. С. Пушкина и других.