В 1892 был удостоен звания профессора. В том же году возглавил пейзажную мастерскую Высшего художественного училища живописи, скульптуры и архитектуры при ИАХ. Среди его учеников — Н. К. Рерих, А. А. Борисов, К. Ф. Богаевский, В. И. Зарубин, А. А. Рылов и другие. В 1893 художник был избран действительным членом ИАХ. В 1897 оставил преподавание в Академии, но принимал активное участие в судьбе своих учеников: летние месяцы работал вместе с ними на своей даче в Крыму, в 1898 на собственные средства организовал для них поездку в Германию, Австрию и Францию.

В 1904 стал инициатором проведения конкурса «за выдающиеся художественные произведения» на весенних выставках в ИАХ, выделив в премиальный фонд 100 тысяч рублей. В том же году пожертвовал Обществу поощрения художеств 11 700 рублей на выдачу премий по пейзажной живописи.

В 1909 по инициативе учеников Куинджи и при его содействии с целью объединения художников и оказания им помощи было создано Общество художников, получившее имя Куинджи (просуществовало до 1929). Куинджи пожертвовал в пользу Общества 150 тысяч рублей, а также завещал все свое состояние и творческое наследие (коллекция после расформирования Общества была передана в Государственный Русский музей).

Мемориальные выставки мастера состоялись в Петербурге (1913) и Москве (1914). Ретроспективная выставка произведений Куинджи была организована в 1992 в Государственной Третьяковской галерее.

Куинджи — выдающийся русский живописец второй половины XIX века, представитель реалистического направления, чье творчество и общественная деятельность оказали значительное влияние на последующее развитие искусства пейзажа. Его произведения проникнуты романтическим отношением к натуре и тонким лиризмом. Художник выработал собственный легко узнаваемый стиль в живописи, характерной особенностью которого является чрезвычайно точная, подчас почти иллюзорная передача свето-воздушной среды, эффектов лунного или солнечного освещения, насыщенные, интенсивные цвета, сведенные к нескольким главным тонам. Для создания панорамных видов применял различные композиционные приемы, в частности высокий горизонт. Поздним работам мастера присущи декоративность и внешняя эффектность цветового строя.

Куниджи неоднократно варьировал и повторял наиболее популярные мотивы своих картин. Многие из его полотен со временем потеряли первоначальную свежесть и интенсивность красок из-за несоблюдения технологии живописи.

Произведения Куинджи находятся во многих музейных собраниях, среди них — Государственная Третьяковская галерея, Государственный Русский музей, Ярославский художественный музей, Киевский музей русского искусства, Симферопольский художественный музей и другие.