В марте 1919 Истомин вступил в Красную Армию, получил ранение, перенес тиф и был окончательно освобожден от воинской повинности. В творческом плане гражданская война принесла художнику только разрозненные заметки, которые легли в основу графической серии к десятилетию Октября «Красная Армия в Донбассе». Остальные батальные рисунки Истомина пропали.

В 1920 Истомин недолгое время занимал дипломатическую должность, но потом его направили в распоряжение Народного комиссариата просвещения для организации художественного рабфака. С 1921 и до конца жизни Истомин занимался преподавательской деятельностью.

В звании профессора он сначала был организатором Высших художественных мастерских (ВХУТЕМАСа), а потом и преподавал в них. Позже читал лекции в Московском полиграфическом институте (1930–39) и МГХИ (1937–42). По воспоминаниям его учеников, Истомин был широко эрудированным и принципиальным человеком, педагогом по призванию.

Истомин состоял членом некоторых художественных объединений и, несмотря на то, что учебная работа отнимала у него много сил, находил время и на личное творчество. В 1920-х участвовал в выставках общества «Четыре искусства», экспонировал свои пейзажи, натюрморты, портреты, жанровые картины, такие как «Пряхи» (1924), «Чаепитие», «Жатва», «Мать и дитя», «За чисткой овощей», «Утро» (1928), «Кавказский аул» (1928), «На террасе» (1929), «Читающая женщина» (1931).

В эти годы Истомин был уже вполне зрелым художником. Вступив в Ассоциацию художников революционной России (АХРР) и исповедуя принципы соцреализма, он, однако, стремился сочетать традиции искусства передвижников с выразительной пластикой, типичной для европейского искусства. Для себя он избрал стиль живописи эмоций и цвета.

Наиболее заметным произведением Истомина предвоенных лет стала картина «Вузовки» (1933). Написанное на первый взгляд в бытовом жанре, полотно контрастирует с откровенно пафосными художественными произведениями тогдашней поры.

Классическую базовую основу Истомина выдают и его поздние произведения: строгие этюды с натуры «В комнате у окна» (1928), «Читающая женщина», «Портрет Лидии» (обе 1931), наброски незавершенной картины «Восстание румынских крестьян», крымские морские пейзажи.

Истомин проявил себя и в качестве театрального художника, создав эскизы декораций и костюмов к ряду спектаклей; писал теоретические работы и учебные программы.

Осенью 1941 вместе со всем Московским художественным институтом имени В. И. Сурикова (бывшем ВХУТЕИНом) эвакуировался в Самарканд.

Умер в эвакуации.

Первую персональную выставку Истомина организовал в Москве в 1961 его ученик И. В. Савицкий, директор Каракалпакского музея. Вторая выставка состоялась в 1975, а в 1985 в Москве был издан альбом репродукций с картин Истомина «Избранные произведения».

Работы художника находятся в Государственной Третьяковской галерее, в Государственном Русском музее, Саратовском государственном художественном музее, в Курской картинной галерее и других собраниях.