По плану монументальной пропаганды выполнил мемориальную доску «Павшим в борьбе за мир и братство народов» для Сенатской башни Кремля и композицию «Степан Разин с ватагой», которая была установлена на Лобном месте Красной площади как временный памятник. В 1923 был привлечен к оформлению павильонов Всероссийской сельскохозяйственной и кустарно-промышленной выставки в Москве. В советские годы принимал участие в выставках «Мира искусства», Союза русских художников, экспонировался на 4-й и 5-й Государственных выставках картин и других.

В конце 1923 уехал в США, сопровождая выставку русского искусства, и остался в Нью-Йорке. Провел персональные выставки в Нью-Йорке в 1925 (галерея «Рейнхардт») и 1927. Являлся членом религиозной общины «Ученики Христа», организованной проповедником Ч.-Т. Расселом. Создал в Америке серию больших графических композиций на темы мироздания. Работал как портретист, выполнил портреты Л. Н. Толстого, Ф. М. Достоевского (оба — 1924), Ф. И. Шаляпина, С. В. Рахманинова (оба — 1925), И. П. Павлова (1930), В. В. Маяковского, А. С. Пушкина (оба — 1937), А. Эйнштейна (1938), А. Тосканини (1941). В 1931–1934 по заказу Верховного суда в Вашингтоне создал портреты известных американских юристов — О.-В. Холмса, Б. Кардадо и Х.-Ф. Стоуна. Продолжал также «лесную серию».

В годы Второй мировой войны входил в Русский комитет, собиравший средства в фонд Красной Армии. Летом 1945 получил разрешение возвратиться в СССР, поселился в Москве. Первое время подвергался критическим нападкам и обвинениям в «формализме». В 1954 в Москве, Ленинграде и Киеве состоялась первая после возвращения выставка Конёнкова, приуроченная к 80-летию со дня рождения и 60-летию творческой деятельности, после которой творчество мастера было официально признано в СССР. В том же году, минуя звание члена-корреспондента, он был избран действительным членом Академии художеств СССР. В 1957 удостоен Ленинской премии, в 1958 — звания народного художника СССР, в 1964 — Героя Социалистического Труда.

К наиболее значительным работам позднего периода относятся горельефный фриз для здания Института геохимии АН СССР в Москве (1953–1954), скульптурный ансамбль Музыкально-драматического театра в Петрозаводске (1953–1954), проекты памятников Л. Н. Толстому и В. И. Ленину для Москвы.

Ретроспективная выставка творчества Конёнкова была устроена в 1976 в Москве.

Конёнков — выдающий скульптор ХХ столетия. В раннем творчестве был близок модерну; прошел через увлечение эстетикой символизма, неоклассицизма и неорусского стиля. Отсюда основные черты его творческой манеры — стремление к декоративной выразительности образа, лаконичность линий и силуэта, импрессионистическая «подвижная» лепка, обыгрывание в композиции мотива незавершенности, сочетание различных фактур дерева и камня. В последующие годы сохранял приверженность индивидуальному стилю, хотя ряд поздних работ 1950-х — 1960-х отвечают программе социалистического реализма.

Произведения Конёнкова находятся во многих музейных собраниях, в том числе в Государственной Третьяковской галерее, Государственном Историческом музее, Государственном Русском музее. В Москве открыт Музей-мастерская Конёнкова.