В 1935 возглавил Ленинградский театр Комедии (к тому моменту сменивший много названий и умирающий Ленинградский театр сатиры). Только за первый год работы Акимов совершил, казалось бы, невероятное: театр не только ожил, но и стал качественно другим. «Лидер по натуре, уникально одаренный художник, график, литератор, режиссер, оратор, организатор, — ренессансная личность, Акимов построил театр столь оригинальный, что даже вопреки нормам русского языка слово Комедия в названии театра стало писаться с заглавной буквы. Эта акимовская «К» и сегодня на программках спектаклей театра, носящего имя Акимова» (www.komedia.spb.ru).

Театральные премьеры следовали одна за другой. «Собака на сене» и «Валенсианская вдова» Лопе де Вега, «Школа злословия» Р. Б. Шеридана, «Двенадцатая ночь» Шекспира. «Тень» Е. Л. Шварца, «Опасный поворот» Д. Б. Пристли и др.

Акимовские эскизы театральных костюмов были портретами актеров, которых он выбирал на роли. По словам самого Акимова, «рисование сценического костюма переросло в рисование сценического образа». Его театральные плакаты были естественной и потому неотъемлемой частью каждого спектакля. Незадолго до войны Театр Комедии был признан одним из лучших театральных коллективов страны. В годы войны — в осажденном Ленинграде, а затем в эвакуации — театр и его главный режиссер выпустили 16 премьер, среди которых «Питомцы славы» А.Гладкова и «Дракон» Евг. Шварца (позже запрещенный цензурой и восстановленный почти через два десятка лет).

Совместно с художественно-театральной деятельностью Акимов на протяжении всей жизни пишет портреты, в том числе Николая Черкасова, Бориса Тенина, Николая Охлопкова и др. В огромной серии живописных и графических портретов предпочтение отдается людям театра — актерам, режиссерам, драматургам. Темы театра и драматургии преобладают и в его книжной графике, к которой он возвращается в 1960-х после длительного перерыва.

В 1949 «за формализм в искусстве» и «западничество» Акимов был отстранен от руководства театром. Через два года в качестве главного режиссера и художника Ленинградского Нового театра (с 1955 — театр им. Ленсовета) он поставил и оформил знаменитые сатирические «Тени» М. Е. Салтыкова-Щедрина и «Дело» А. В. Сухово-Кобылина. Прирожденный педагог, Акимов в 1955 начал преподавательскую работу в Ленинградском театральном институте, основав и возглавив в нем художественно-постановочный факультет, на котором были воспитаны многие превосходные мастера сценографии. Блестящий и остроумный человек, Акимов входил в художественную элиту своего города, определяя ее высокий уровень и неповторимое лицо.

Только в 1956 Акимов смог вернуться в театр Комедии, который все годы его отсутствия оставался без руководителя. Возвращение ознаменовалось постановкой пьесы Е. Л. Шварца «Обыкновенное чудо». В том же году в Москве (в ЦДРИ) прошла выставка его театральных плакатов. В 1957 на Первом Всесоюзном съезде художников (Москва) Акимов выступил с докладом «Художник советского театра». На Всемирной выставке в Брюсселе (1958) он был удостоен серебряной медали.

В 1963 в Ленинграде и через два года Москве состоялись персональные выставки работ Акимова. Среди поздних режиссерских и оформительских работ Акимова — спектакли «Дон Жуан» Дж.-Г. Байрона, «Двенадцатая ночь» У. Шекспира, «Свадьба Кречинского» А. В. Сухово-Кобылина; спектакль на сцене «Комеди Франсез» в Париже в 1966. Как театральный художник он осуществил постановки пьес «На всякого мудреца довольно простоты» Н. Островского и «Цилиндр» Э. де Филиппо.

Умер Н. П. Акимов в номере московской гостиницы во время гастролей Театра Комедии в 1968. Неоконченной осталась постановка пьесы Шекспира «Конец — делу венец».

После смерти Акимова осталось огромное художественное наследие: портреты, книжная графика, станковая и театральная графика, эскизы декораций и костюмов.